ACTUALITESMARVELACTUALITESMARVELHanté par la mort de Jean Grey, Logan vit en ermite dans les forêts du Yukon. Il est contacté par Yukio, émissaire d'un richissime industriel japonais, Yashida, qu'il avait sauvé des bombardements atomiques sur Nagasaki en 1945. Yashida, mourant, lui propose un échange : retirer son immortalité pour qu'il puisse enfin vieillir et trouver la paix. Logan se retrouve alors plongé dans un Japon de complots, de yakuzas et de ninjas, affaibli par la perte progressive de son facteur régénérateur.
Logan découvre que Yashida a simulé sa mort pour lui voler son immortalité grâce à une armure robotique géante. Lors de l'affrontement final, Logan perd ses griffes en adamantium, tranchées par Yashida, mais ses griffes en os repoussent. Il détruit l'armure et tue Yashida. Mariko, la petite-fille de Yashida, prend la tête du clan familial. Logan, son facteur régénérateur retrouvé, accepte de reprendre sa place dans le monde. La scène finale le montre dans un avion, prêt à partir.
The Wolverine se déroule en 2013, dans la Timeline A de la saga X-Men, après les événements traumatisants de X-Men : The Last Stand. Dans cette continuité originale, Logan vit avec la culpabilité d'avoir tué Jean Grey. La scène post-générique de The Wolverine est un pont direct vers X-Men : Days of Future Past : elle se connecte à la scène post-crédits de X-Men : The Last Stand, où l'on découvrait la survie de Xavier, et montre les conséquences imminentes de la menace des Sentinelles. C'est ce film qui lance officiellement l'intrigue de X-Men : Days of Future Past, laquelle effacera la Timeline A pour créer une nouvelle continuité.
La scène post-générique de The Wolverine se déroule deux ans plus tard. Logan traverse un aéroport lorsqu'une publicité pour Trask Industries, la société qui fabrique les Sentinelles, des robots chasseurs de mutants, attire son attention. Le métal autour de lui commence à bouger de façon inexplicable : Magneto (Ian McKellen) est là, ses pouvoirs apparemment retrouvés, et lui explique qu'une menace grave pèse sur tous les mutants. Alors que Logan garde la main sur ses griffes, le temps s'immobilise et le Professeur Xavier (Patrick Stewart) apparaît, bien vivant. Logan, stupéfait, comprend en voyant ces deux anciens rivaux réunis que la situation est d'une gravité exceptionnelle. Xavier lui demande de les rejoindre pour changer le cours de l'histoire, prélude direct aux événements de X-Men : Days of Future Past.
Dans la version longue du film, la séquence finale à bord de l'avion est prolongée par une scène où Yukio offre un cadeau à Logan. En ouvrant la boîte, le spectateur découvre le costume classique de Wolverine des comics, avec ses couleurs jaune et brune et son masque emblématique. Logan contemple l'ensemble avec un air entendu, marquant la toute première apparition visuelle du costume original dans l'histoire de la saga. Il faudra toutefois attendre plus de dix ans pour voir Hugh Jackman l'enfiler à l'écran dans Deadpool and Wolverine.
Les films X-Men ne font pas partie du MCU car 20th Century Fox détenait les droits cinématographiques des X-Men depuis 1994, lui permettant de créer son propre univers distinct. En 2019, Disney a racheté la Fox et récupéré ces droits. Depuis, les personnages mutants sont progressivement intégrés au multivers du MCU, mais les films produits par la Fox restent séparés de la continuité principale.
La saga X-Men de la Fox comprend la trilogie originale (X-Men, X2, X-Men : The Last Stand), les films centrés sur Wolverine (X-Men Origins : Wolverine, The Wolverine, Logan), les deux films Deadpool, les préquelles (X-Men : Le Commencement, X-Men : Days of Future Past, X-Men : Apocalypse, X-Men : Dark Phoenix) ainsi que Les Nouveaux Mutants, dernier film produit par la Fox en 2020.
Depuis le rachat de 20th Century Fox par Disney en 2019, les films X-Men ont été intégrés au multivers du MCU. Le retour de Patrick Stewart dans le rôle du Professeur Xavier dans Doctor Strange in the Multiverse of Madness (2022) établit un premier lien officiel. La scène post-générique de The Marvels place ensuite Monica Rambeau directement dans l'univers des films X-Men de la Fox. Enfin, Deadpool and Wolverine (2024) confirme et approfondit cette intégration en reliant officiellement les deux univers via le multivers.