ACTUALITESMARVELACTUALITESMARVELUn laboratoire pharmaceutique annonce la mise au point d'un « remède » capable de supprimer définitivement les pouvoirs mutants. Cette découverte déclenche une fracture profonde au sein de la communauté mutante : certains y voient une chance de vivre normalement, d'autres, comme Magneto, une attaque contre leur identité même. Pendant ce temps, Jean Grey, portée disparue depuis le barrage d'Alkali Lake, refait surface transformée en une entité d'une puissance incontrôlable : le Phénix.
Les X-Men affrontent les forces de Magneto sur l'île d'Alcatraz, où est produit le remède. Magneto est finalement neutralisé par une injection du sérum qui supprime ses pouvoirs. Jean Grey, submergée par le Phénix, détruit tout autour d'elle. Logan, grâce à son facteur régénérateur, est le seul à pouvoir l'approcher. Il l'affronte et, pour mettre fin à la destruction, finit par la tuer, lui murmurant qu'il l'aime. Mystique, qui a reçu une dose du remède en protégeant Magneto, perd ses pouvoirs. Le film se clôt sur Xavier, tué par Jean Grey en plein combat, dont l'école est confiée à Storm.
X-Men : The Last Stand se déroule en 2006. Il appartient à la Timeline A, la continuité originale de la saga. Dans cette timeline, la mort de Jean Grey et la perte des pouvoirs de Mystique sont définitives. C'est cette même continuité que Logan retrouvera plus tard, devenu un ermite après les événements traumatisants du film, dans The Wolverine. La scène post-crédits du film établit un lien direct avec celle de The Wolverine, et ensemble elles ouvrent la porte aux événements de X-Men : Days of Future Past, où la Timeline A sera effacée au profit d'une nouvelle continuité.
Dans la scène post-générique, un homme seul est allongé dans un lit d'hôpital. La Dre Moira MacTaggert (Olivia Williams) entre dans la chambre, le salue et vérifie les appareils qui le surveillent. L'homme tourne la tête et lui répond avec la voix inconfondable de Charles Xavier (Patrick Stewart). Visiblement émue, elle le fixe, stupéfaite d'entendre cette voix.
Cette scène révèle que Xavier, désintégré par le Phénix lors du combat, a transféré son esprit dans un autre corps : celui de son frère jumeau, un patient en état de mort cérébrale. Cette capacité à transposer sa conscience dans un autre être est une faculté unique à Xavier, déjà évoquée dans les comics — notamment dans The Uncanny X-Men #167 de Chris Claremont et Paul Smith, où il avait survécu en intégrant un clone après que son corps eut été détruit. Cette survie permet à Patrick Stewart de reprendre le rôle dans The Wolverine (2013) et X-Men : Days of Future Past (2014), avant de le conclure dans Logan (2017) et de le relancer dans les films du MCU.
Les films X-Men ne font pas partie du MCU car 20th Century Fox détenait les droits cinématographiques des X-Men depuis 1994, lui permettant de créer son propre univers distinct avec des films comme X-Men, Deadpool ou Logan. En 2019, Disney a racheté la Fox et récupéré ces droits. Depuis, les personnages mutants sont progressivement intégrés au multivers du MCU, mais les films produits par la Fox restent séparés de la continuité principale.
La saga X-Men de la 20th Century Fox comprend la trilogie originale (X-Men, X2, X-Men : The Last Stand), les films centrés sur Wolverine (X-Men Origins : Wolverine, The Wolverine, Logan), les deux films Deadpool, les préquelles (X-Men : Le Commencement, X-Men : Days of Future Past, X-Men : Apocalypse, X-Men : Dark Phoenix) ainsi que Les Nouveaux Mutants, dernier film produit par la Fox en 2020.
Depuis le rachat de 20th Century Fox par Disney en 2019, les films X-Men ont été intégrés au multivers du MCU. Le retour de Patrick Stewart dans le rôle du Professeur Xavier dans Doctor Strange in the Multiverse of Madness (2022) établit un premier lien officiel. La scène post-générique de The Marvels place ensuite Monica Rambeau directement dans l'univers des films X-Men de la Fox. Enfin, Deadpool and Wolverine (2024) confirme et approfondit cette intégration en reliant officiellement les deux univers via le multivers.